Armadillo で Debianを使っている場合、netflash など Atmark Dist に入っているツールが入っていないことがあります。 ユーザーランドに Debian を使っているので、userland リージョンを書き換えることは無いと思いますが、カーネルや license リージョンを書き換える事もあります。
そんな時は、 mtd-utils に入っている flashcp が便利です。
$ sudo apt-get install mtd-utils
$ wget http:///somewhere/linux.bin.gz
$ cat /proc/mtd
dev: size erasesize name
mtd0: 00040000 00020000 "bootloader"
mtd1: 00040000 00020000 "config"
mtd2: 00040000 00020000 "license"
mtd3: 00400000 00020000 "firmware"
mtd4: 00400000 00020000 "kernel"
mtd5: 07740000 00020000 "userland"
$ sudo flashcp -v linux.bin.gz /dev/mtd4
flashcp 以外にも mtd-utils には、たくさんのプログラムが入っています。覚えておくと便利かもしれません。