Armadillo-IoTのアドオンモジュールの端子機能については、 Armadillo-IoT ベースボード マルチプレクス表 Armadillo-IoTアドオンモジュールの使用機能（AM列～AS列） に記載されていますが、GPIOで制御する機能について、デフォルトのドライバでは GPIOクラスディレクトリ（/sys/class/gpio）で見えないものがあります。
例えば、RESET端子は、基本的にArmadillo-IoTの起動時にカーネルが制御するような用途ですので、 デフォルトでは、ユーザーアプリケーションで制御できるように（GPIOクラスディレクトリで見るように）なっていません。
ただ、評価やテストとして、手動やユーザーアプリケーションで意図的に制御したい場合もあるかと思います。
ここでは、一例として、Wi-SUNアドオン（上記資料のAR列"WiｰSUN WS00"）のRESET端子を GPIOクラスディレクトリ（/sys/class/gpio）で見えるようにしました。
・ドライバのソースコードの修正
linux-3.14-[version]/arch/arm/mach-imx/armadillo_iotg_std_addon/addon_atmark_techno_wi_sun.c
ファイルの下から2行目の
return 0;
の前に
addon_gpio_export(addon_data[intf].reset, false);
を挿入して、ビルドしたイメージをArmadillo-IoTに書き込んでください。
Armadillo-IoTにイメージを書き込んで、再起動後、 CON1にWi-SUNアドオンを接続している場合、
/sys/class/gpio/BP35A1_RESET_CON1
CON2にWi-SUNアドオンを接続している場合、
/sys/class/gpio/BP35A1_RESET_CON2
のようにBP35A1のRESET端子のGPIOの名前が見えるようになります。
補足）
addon_data[intf].resetや、BP35A1_RESET_CON1、BP35A1_RESET_CON2などは、
addon_atmark_techno_wi_sun.cに定義されています。