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ファイルをコピーする時に権限を変更するにはinstallコマンドに-mオプションを使用します。
※ここでは例として、testというファイルをコピーして、destというファイルを作成し、権限を600とします。

[armadillo ~]# touch test
[armadillo ~]# ls -l
合計 0
-rw-r--r-- 1 root root 0 12月 23 09:48 test
[armadillo ~]# install -m 600 test dest
[armadillo ~]# ls -l
合計 0
-rw------- 1 root root 0 12月 23 09:50 dest
-rw-r--r-- 1 root root 0 12月 23 09:48 test

-mオプションを使用しない場合、権限は755となります。

[armadillo ~]# install test dest
[armadillo ~]# ls -l
合計 0
-rwxr-xr-x 1 root root 0 12月 23 09:50 dest
-rw-r--r-- 1 root root 0 12月 23 09:48 test