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sshを利用すると簡単にリモートI/O制御することができます。
Armadillo-840のLED制御を例に紹介します。

sshを利用するので、Armadillo-840側でsshdが立ち上がっていない場合は、 下記を参照してsshdを起動させておきます。
参照: Armadillo-840 製品マニュアル - 14.3.4.1. Armadillo上でSSHを設定

LEDをリモート制御

★LED1を点灯
atmark@atde5:~$ ssh root@192.168.11.127 "echo 1 > /sys/class/leds/LED1/brightness"
root@192.168.11.127's password:

★LED1を消灯
atmark@atde5:~$ ssh root@192.168.11.127 "echo 0 > /sys/class/leds/LED1/brightness"
root@192.168.11.127's password:

GPIOなども同様にリモート制御できます。

パスワード入力が煩わしい場合は、次の記事を参照してみてください。
参照: sshでパスワード入力なしでArmadilloにログインする