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Armadillo-640で、pythonでGPIO制御する例です。

ここでは、下記マニュアルに記載のGPIOクラスディレクトリを使って、CON9の13ピン（GPIO番号：87）を制御します。
Armadillo-640 製品マニュアル
6.7. GPIO

pythonをインストールします。

root@armadillo:~# apt-get update
root@armadillo:~# apt-get upgrade
root@armadillo:~# apt-get install python3

以下、python3用の記述のみ表記します。

CON9の13ピン（GPIO番号：87）をGPIOクラスディレクトリで扱えるようにexportする。

with open("/sys/class/gpio/export", "w") as f:
  print('87', file=f)

入出力方向を確認する。

with open("/sys/class/gpio/gpio87/direction", "r") as f:
  s_line = f.readline()
  print(s_line)

入力として使用する場合

入力に設定する。

with open("/sys/class/gpio/gpio87/direction", "w") as f:
  print('in', file=f)

入力レベルを確認する。

with open("/sys/class/gpio/gpio87/value", "r") as f:
  s_line = f.readline()
  print(s_line)

出力として使用する場合

出力に設定する。

with open("/sys/class/gpio/gpio87/direction", "w") as f:
  print('out', file=f)

出力レベルを0（Low）に設定する。

with open("/sys/class/gpio/gpio87/value", "w") as f:
  print('0', file=f)

出力レベルを1（High）に設定する。

with open("/sys/class/gpio/gpio87/value", "w") as f:
  print('1', file=f)