基本的にATDE v1(ATDE1)で利用していたソースファイル（Atmark Dist、Linuxカーネル、自作プログラム）を一旦ホストPCにコピーしてからATDE v2(ATDE2)にコピーすることでバージョンアップできます。
ATDEからATDE2にバージョンアップする際、「Howto:ATDE v2 へのバージョンアップ方法」を参考にしてください。
なお、ATDE2に含まれているクロスツールチェーンがATDE1のものより新しいため、ATDE1で利用していたAtmark DistまたはLinuxカーネルのバージョンアップも必要になる可能性があります。具体的に、Atmark Distは20071018以降、Linuxカーネルは2.6のみがサポートされています。ATDEのAtmark DistとLinuxカーネル対応の詳細情報には「Atmark Distとカーネルの対応」を参照してください。
また、バージョンアップが必要な場合、以下のHowtoを参照してください。